稽查執法系統包括案源管理系統、案件辦理系統、行政處罰簡易程序、行政案件管理、行政強制措施、行刑銜接。

1、案源管理系統

通過覆蓋案件線索的來源、登記、處置結果、流轉過程等環節，明確實效及責任人員，對在日常監管、投訴舉報、產品抽檢等渠道獲得的違法信息和案件線索進行統一管理，從而實現案源線索管理的信息化、程序化、科學化。

2、案件辦理系統

實現食品藥品行政處罰案件全過程網上運行，分解案件立案審批、調查、終結報告、合議、重大案件集體討論、事先告知、處罰決定、執行等各環節，明確不同環節的人員和崗位，確定相應權限，使該系統實現案件查處、文書制作、電子審批等多項功能。

3、行政處罰簡易程序

適用于對違法事實確鑿，并有法定依據，對公民處以五十元以下，對法人或其他組織處以一千元以下罰款或者警告，并當場作出行政處罰的案件。在日常檢查時根據檢查結果選擇現場處罰進入簡易程序執法流程。

4、行政案件管理

與案件辦理系統相關聯，包括協查協辦和督查督辦兩個功能，主要是通過案件查辦過程中相關文件的流轉，起到異地調查取證或者案件督查督辦的作用。

協查協辦是執行國家局行政案件協助調查取證制度的具體體現，從程序上明晰了該項工作所需流轉環節、調查時間、調查人員等，實現對協查協辦的規范化管理。

督查督是上級局大要案督查督辦制度的具體體現。主要是需要市局督查督辦的本市轄區內重大行政處罰案件。分市局主動督查督辦和轄市區局提請督查督辦兩種情況。

5、行政強制措施

辦案機關在查處違法行為過程中，在證據可能滅失或者以后難以取得的情況下，可以采取先行登記保存措施；法律、行政法規規定扣留、封存等行政強制措施的，可以根據具體情況實施。功能包括先行登記保存管理、物品查封管理、物品扣押管理。

6、行刑銜接

行刑銜接系統不僅有利于充分發揮行政執法和刑事司法的優勢互補、資源共享，整合執法資源，及時、準確、有效地打擊犯罪，也有利于監督、糾正行政執法機關的不作為、亂作為現象，促使其依法行政、嚴格執法，促進法治政府建設。